另据巴彦淖尔市官方提供的资料显示，近几年每年约有3-5亿立方米的农田排水和4000-5000万吨的工业废水、生活污水排入乌梁素海，再经过湖泊生物净化作用后排入黄河。

　　污水处理成本高监管缺位所致

　　而各级排干渠中，又以流经巴彦淖尔市临河区的五排干的污染情况最为恶劣，据当地人对南都记者反映，这里常年水质乌黑，即使皮肤碰到，都会产生红肿和发炎等情况。值得注意的是，临河区内有化学工业高新技术园，里面有一批以联邦制药（内蒙古）有限公司为代表的药厂，每天源源不断地产生大量的废水。据一些当地人的说法，正是这些药厂排出的废水，没有经过处理就直接排入五排干，从而导致了整条五排干的严重污染，并最终殃及乌梁素海。

　　有医药业内人士向记者透露，以联邦制药在内蒙古的工厂的规模估算的话，大概每天产生1-1 .5万吨化学需氧量指标（COD）在500以上的废水，每吨废水按照标准必须处理到C O D 60以下才能排放到五排干中，然而每吨废水的处理成本大概需要5-15元左右，这样最保守估计，一家药厂一年处理废水的花费就至少在1800万元以上，这还只是最为保守的数字，实际数字应该超过5000万。考虑到当地政府的经济能力，负担起来比较困难。而如果由药厂负担的话，就要吞噬掉很大一块利润甚至还有可能赔本，因此，也不现实。