上述前员工称，表面上看是将联邦污水由泵站加压逆流而上排入上游的城市污水处理厂，但实际上内部是设有暗管的，平时细水长流持续偷排，到了晚上12点至凌晨5点，联邦制药环保车间各工序停止加物料，所有设施停止运转，渠上排水泵房阀门就大开。

　　就这样联邦制药产生的污水在夜色的掩护下，悄无声息的排入生活污水渠，进入黄河灌区水系，最终回归到它们的唯一归宿地——乌梁素海。

　　“如果遇到上级环保部门突查，联邦制药会自有高招，他们先将高浓度废水临时储存于两个2000吨的池子中，再找机会偷排，这4000吨的污水用30分钟便可排尽。而其它低浓度的废水则进入正常的处理系统，应付领导检查和参观。”上述前员工介绍说，这便是当地环保部门在线检测联邦制药污水处理达标的原因。

　　中科院院士王光谦曾做过有关乌梁素海的调研，他引用巴彦淖尔市环境监测站2005-2010年的观测资料说，乌梁素海环境污染和生态功能退化形势严峻。同时，乌梁素海的水污染严重，2005~2010年COD只有3次达标，氮氧超标率为30.3%；底泥污染严重，TN、TP以及重金属超标，西大滩与东大滩底泥污染最重。

　　王光谦说，湖区长期接纳灌区生活、工业污水，是导致湖区污染，富营养化程度高的主要原因。

　　事实上，说到乌梁素海的污染成因无论是专家还是当地政府官员都没有回避工业污染。

　　2010年12月13日，国家林业局湿地办公室与巴彦淖尔市政府曾在北京专题讨论过乌梁素海的污染问题，时任巴彦淖尔市代市长的何永林（现任该市市委书记）坦陈，“近年来，随着河套灌区排入乌梁素海的工业及生活污水逐年增加，加之湿地补水量大幅下降等多种因素，乌梁素海水质逐年恶化，湿地大面积萎缩。”

　　同年7月28～30日，水利部、环保部、发改委曾组成联合调研组，针对乌梁素海严重污染情况展开调研。三部委的调研认为，乌梁素海总排干入黄水质近年来均为劣Ⅴ类。