根据民政部公布的“行政区划变更报批流程”，如果南沙申请行政区划变更，需由广州市政府先制定变更方案，报省政府同意后，再上报国务院，由国务院转民政部审核并征求有关部门意见后，报请国务院审批。而在制定变更方案中，至少包括：现行行政区划存在的问题，调整的理由及必要性，调整方案及涉及调整单位对调整的意见，调整后的行政区划情况；调整涉及区域的干部群众代表对行政区划调整的意见等。

　　变更方案须包括四部分内容

　　根据民政部对于行政区划变更的程序要求，南沙新区若要进行区域调整，广州市政府制定的变更方案中必须包括以下内容：(1)拟调整行政区划单位的基本情况，地理位置，管辖范围、面积，户籍人口、外来人口、人口密度；(2)拟调整行政区划单位经济社会情况：地区生产总值，第二、三产业产值及其在地区生产总值中的比例，产业布局，工业经济状况，地方财政收入(其中预算内收入)，交通通讯条件等基础设施情况，商业、服务业、旅游业等第三产业发展情况，教育、卫生、科研、文体事业发展状况；(3)现行行政区划存在的问题，调整的理由及必要性，调整方案及涉及调整单位对调整的意见，调整后的行政区划情况；(4)调整涉及区域的干部群众代表对行政区划调整的意见、调整后行政区域界线走向说明、调整前后地级市行政区划图，城市总体规划图。

　　审批过程涉及多个部委办

　　而国务院在审批的过程中，除了主要涉及民政部之外，还会征求中央编办、国家发改委、国土资源部、国务院法制办等机构意见。涉及到中央编办，原因是行政区划调整会带来相应的人事变动，需要调整原有编制；而涉及到国家发改委和国土资源部，主要在于可能涉及新设立的行政区划需要兴建新行政中心，需要立项和用地；而在搬迁和建设过程中涉及的土地置换、耕地征用、原有生态资源的保护等衍生问题如何跟现有法律法规协调，还可能需要由国务院法制办介入。